Kolja Blacher, in Berlin geboren, ging fünfzehnjährig an die New Yorker Juilliard School of Music, um bei Dorothy DeLay zu studieren. Nach Abschluss des Studiums bei Sándor Végh in Salzburg begann eine bemerkenswerte Solo-Karriere. Seit Oktober 1999 hat er eine Professur für Violine und Kammermusik an der Hamburger Musikhochschule inne. Im Frühjahr 2009 wechselte er in gleicher Position nach Berlin an die Hochschule für Musik Hanns Eisler.

Als Solist gastiert er bei bedeutenden Orchestern, darunter den Philharmonikern in Berlin, Oslo, St. Petersburg und München, dem Gewandhausorchester Leipzig, dem Sinfonieorchester des NDR, dem Mahler Chamber Orchestra (MCO), dem Gürzenich Orchester Köln und dem Chamber Orchestra of Europe. Er konzertiert mit führenden Dirigenten wie Claudio Abbado, Daniel Barenboim, Alan Gilbert, Daniel Harding, Vladimir Jurovsky, Mariss Jansons, Dmitrij Kitajenko, Kent Nagano, Jonathan Nott und Kirill Petrenko.

Durch sehr gute Erfahrungen mit dem Stuttgarter Kammerorchester, Santa Caecilia in Rom, Hong Kong Philharmonic (Beethoven Violinkonzert), der Kioi Sinfonietta in Tokio (Brahms Violinkonzert) und dem Melbourne Symphony Orchestra hat er seine Leidenschaft für Spielen und Leiten in Personalunion entdeckt und wird dies in den kommenden Saisons weiter ausbauen.

Seine Einspielung der Sonaten von Schostakowitsch und Mieczyslaw Weinberg (gemeinsam mit dem Pianisten Jasha Nemtsov) bei Hänssler bekam im April 2007 den 'Vierteljahrespreis' der Deutschen Schallplattenkritik. Seine Aufnahme der Violinkonzerte von Strawinsky und Berg mit Claudio Abbado und dem MCO wurde im Mai 2006 mit dem Diapason d’Or ausgezeichnet sowie ebenfalls mit dem 'Vierteljahrespreis' der Deutschen Schallplattenkritik. Dazu hieß es im Fono Forum: "Mit dieser Live-Aufnahme profiliert er sich einmal mehr als ein Geiger von Weltklasseformat. Seine Auslegung der Berg-Partitur ist geprägt von Klarheit der Linienführung, romantischer, aber stets variabler Tongebung. Wie das Werk ‚tranquillo’ ausklingt, ist bezwingend. Strawinskys Violinkonzert lebt auf in seiner prägnant kraftvollen Extrovertiertheit."

Frühere Aufnahmen, darunter Einspielungen des Violinkonzerts von Boris Blacher, Hindemiths Kammermusik Nr. 4 sowie der Violinsonaten von Schumann, Bartok und Holliger (mit Bruno Canino als Partner) sind mehrfach ausgezeichnet worden.

Ein Höhepunkt der Saison 2009/2010 ist sein Auftritt mit dem Hong Kong Philharmonic Orchestra in Hong Kong. Des Weiteren wird er mit dem DSO Berlin, dem WDR Sinfonieorchester Köln, dem Stuttgarter Kammerorchester und der Kammerakademie Potsdam zu sehen sein. Ein weiterer Schwerpunkt dieser Saison liegt auf der Kammermusik. Dabei wird er unter anderem zusammen mit Clemens Hagen und Kirill Gerstein in Luzern, Berlin, Genua und Florenz spielen. Darüber hinaus ist er mit dem Pianisten Vassily Lobanov mehrfach in Rezitalen zu erleben.

Kolja Blacher spielt die so genannte 'Tritton' Stradivari Geige von 1730, die ihm von Frau Kimiko Powers zur Verfügung gestellt wird.